장기보유 특별공제는 토지, 건물에 한해서 적용되는 것이므로 토지나 건물이 아닌 입주권 상태의 기간에 해당하는 양도차익에 대해서는 장기보유 특별공제를 적용하지 않았다. 하지만 입주권도 주택으로 간주함에 따라 그동안 살았던 아파트가 재건축?재개발 사업시행으로 입주권으로 바뀐 뒤 이를 처분하려는 경우 장기보유 특별공제 적용기간은 취득일부터 재건축?재개발 사업 승인일(관리처분계획인가일)까지가 아니라 입주권 양도일까지라는 국세심판원의 판례가 있다.

 장기보유 특별공제 혜택을 받기 위해서는 보유기간이 적어도 3년 이상은 지나야 한다. 현행 소득세법에서는 3년 이상 보유한 1세대 1주택은 매년 4%씩 최대 80%까지 양도차익에서 공제하고 있다. 그렇다면 보유기간에 따라 장기보유 특별공제 금액이 얼마나 달라지는 예를 들어 살펴보자.

 1997년 5월 3억원에 취득한 아파트가 재건축 되면서 2006년 2월에 살던 집이 입주권으로 바뀌어 현재 입주권 상태의 자산을 가지고 있는 A씨가 있다. 당시 A씨의 입주권 평가액은 15억. 2008년 7월에 17.3억원에 입주권을 양도한 A씨의 세금은 판례 이전과 이후 어떻게 달라질까? 일단 취득일부터 관리처분계획인가일까지를 보유기간으로 보는 판례 이전의 경우를 살펴보자. 이 경우 보유기간은 9년 9개월을 적용받게 돼 ‘9년 이상 10년 미만’에 적용되는 36%의 공제율을 적용받게 된다. 여기에 입주권 상태에서 발생한 양도차익은 공제대상에 포함되지 않으므로 입주권상태의 양도차익은 공제 없이 바로 높은 세율을 적용받는다.

 그러나 판례 이후 입주권상태의 보유기간을 주택으로 인정하면 취득일부터 입주권양도일까지를 보유기간으로 계산하기 때문에 이 경우 보유기간은 11년 2개월이 돼 ‘11년 이상 12년 미만 보유’에 해당하는 44%를 적용받게 된다. 입주권상태의 양도차익에 대해서도 장기보유특별공제액을 차감한 후 세액을 계산하기 때문에 세금은 훨씬 줄어든다.

 하지만 한 가지 유의할 점은 이러한 입주권의 보유기간에 대한 판례는 1가구 1주택 보유자에 한해서만 적용된다는 사실이다. 국세심판원의 결정문에 따르면 1주택자인 재건축조합원이 기존 주택을 제공하고 조합을 통해 취득한 분양권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 이를 1가구 1주택으로 간주할 수 있도록 규정하고 있다”고 되어 있기 때문이다. 따라서 1세대 1주택에 해당하지 않는 입주권의 양도는 종전과 같이 주택부분과 부동산을 취득할 수 있는 권리 부분으로 나누어 양도차익을 계산하고 주택부분의 보유기간만 고려해 장기보유 특별공제를 계산하게 된다는 것이다.

 원칙적으로 1가구 1주택이면 양도세 비과세 대상이다. 그러나 1세대 1주택이라도 양도가액이 6억을 초과해 고가주택에 해당되는 경우에는 양도세를 내야 한다. 따라서 양도가액이 6억원 미만인 경우에는 판례와 큰 영향이 없지만 양도가액이 6억을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우라면 세금의 차이가 크게 나기 때문에 알아 두는 것이 유리하다.

 한편 1세대 2주택에 대해서 장기보유 특별공제를 배제시킨다는 점에 유의해야 한다. 또한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택과(부수토지 포함)이면서 60% 세율을 적용받는 주택과 미등기 양도자산도 장기보유 특별공제 대상에 포함하지 않는다는 것에 주의해야 한다.