농지전용부담금은 도시개발사업을 위해 농지를 전용하는 자가 농지 보전·조성·관리를 위한 기금 조성을 위해 납부하는 부담금이다. 농지전용부담금의 분할납부 요건은 우선 대상사업자는 정부투자기관, 지방공사 및 지방공단으로 사업방식은 환지방식에만 한정된다.

 
납부는 사업 착공 전에 30%를 납부하고 나머지는 3회 이내로 분할해 납부한다. 분할납부는 농림수산식품부장관이 농지보전부담금을 일시에 납부하기 어려운 부득이한 사유가 있다고 인정하는 경우에 허용된다. 농지보전부담금은 대지를 조성하는 도시개발사업 전체 사업비의 10% 정도를 차지하는 큰 규모의 부담금이다.

이와 같이 대규모 사업비가 발생하는 도시개발사업에서 농지보전부담금의 분할납부 규정은 공공사업시행자에게만 적용해 민간사업시행자의 사업추진에 대한 부담이 크다. 민간사업자가 시행하는 도시개발사업은 개발된 대지나 주택 등에서 분양수익이 발생되기 전까지는 대부분 금융권을 통한 PF대출에 의존하고 있는 상황이기 때문이다.

도시개발사업은 공공과 민간사업시행자의 구분 없이 공공복리 증진을 위해 추진하는 사업임에도 불구하고 시행자간 차별을 두는 것은 형평성에 어긋난다. 

 

이와 같이 건설 및 개발 관련 부담금의 부과를 보면 일반적으로 국가, 지자체가 사업시행자인 경우 부담금을 감면하고 있으나, 동일한 사업을 민간이 시행하는 경우에는 부담금을 부과하고 있다. 공공과 민간을 차별하는 것이다.

 

개발부담금, 광역교통시설부담금 등 기반시설 설치비용을 충당하기 위한 부담금의 경우 개발주체가 공공인 경우로 한정하고 있는 것이 일반적이다. 구체적으로 개발부담금은 공공기관, 정부투자기관, 공기업 등 공공기관이 시행하는 택지개발, 산업단지 개발사업 등은 50%를 감면한다. 농지보전부담금은 국가 또는 지자체가 설치하는 공용·공공용 시설에 대해 50%를 감면한다. 과밀부담금도 국가 또는 지자체가 건축하는 건축물에 대해 100%를 감면한다.

사업 내용상 추가적인 기반시설의 수요를 유발하지 않고, 공공성이 충분히 확보되는 경우에도 면제 및 경감 대상에 포함시키지 않아 민간사업자의 부담을 증가시킨다. 이는 국민의 부담으로 전가된다. 예컨대, 민간이 지구단위계획을 수립하는 경우, 재정비촉진지구, 재개발 사업 등은 제도의 성격상 공공성이 충분히 확보되는 사업이지만 부담금 부과 면제 및 경감대상에 포함되지 않고 있다.

 
따라서 주체를 기준으로 부담금 감면 대상을 정함과 동시에 사업특성도 고려하는 방안의 검토가 필요하다. 또 사업의 공공성이 인정되고 제도적으로 부담금 납부가 필요 없는 경우는 부담금 부과대상에 제외하거나 감면해야 한다. 앞에서 제시한 민간이 지구단위계획을 수립하는 경우, 재정비촉진지구, 재개발사업 등은 제도의 성격상 공공성이 충분히 확보되는 사업이므로 부담금 부과 면제 및 경감대상에 포함해야 한다.

농지보전부담금도 분할납부 할 수 있는 사업시행자를 정부투자기관, 지방공사 및 지방공단에서 모든 사업시행자로 확대하고 분할납부 할 수 있는 사업방식도 모든 사업방식 환지방식, 수용사용방식, 혼용방식 등에도 적용해야 한다. 부담금 부과의 형평성 제고가 절실히 필요하다.