관리처분계획 인가를 받은 조합원의 소유 형태별 과세여부를 잘 살펴보면 주택의 양도시기를 잘못 선택해 양도소득세를 납부하는 잘못을 미연에 방지할 수 있다. 
예를 들어 강남의 아파트 한 채를 보유하고 있으면서 투자 목적으로 재건축 아파트 한 채와 재개발 구역 내 단독주택  한 채를 소유하고 있는 A씨의 경우를 살펴보겠다. A씨는 현재 1세대 3주택자이지만 조합의 사업추진에 따라 관리처분계획이 인가된 후 재건축 아파트와 재개발 단독주택이 입주권으로 전환되면 그 시점에서는 1세대 1주택으로 보는 것이 과거의 소득세법이었다. 하지만 2006년 이후의 경우에는 입주권도 주택 수에 포함돼 A씨는 3주택자가 된다.

이에 따라  재건축·재개발사업 이전의 1세대 3주택자는 1주택이 재건축사업으로 멸실되더라도 다른 주택을 양도하는 경우 양도세 60% 중과대상에 해당되며(2009년 1월 1일부터 2010년 12월 31일의 특례기간 중에 양도하거나 취득하는 주택의 경우는 양도세 45%), 1세대 2주택자 역시 다른 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세규정을 적용받지 않고 50% 중과대상(2009년 1월 1일부터 2010년 12월 31일의 특례기간 중에 양도하거나 취득하는 주택의 경우는 기본세율)이 된다.

그렇다면 2006년 1월 1일 이후 관리처분계획 인가를 받은 조합원의 소유형태별 과세여부는 어떻게 달라지는지 알아보도록 하겠다.
기본적으로 관리처분계획인가일 현재 1세대 1주택으로 3년 이상 보유 요건(서울, 과천 및 분당 · 일산 · 평촌 · 산본 · 중동 등 5대 신도시의 경우 2년 이상 거주)을 만족한 조합원은 그 주택을 이후 어느 시점에 매각하더라도 양도 당시에 다른 주택이 없다면 양도소득세를 내지 않는다. 
그러나 기존 1주택을 가지고 있던 자가 입주권을 취득하는 경우 입주권 취득일부터 2년 이내에 기존주택을  매각할 경우 기존주택이 양도세 비과세 조건을 갖추면 세금 비과세 혜택을 볼 수 있다. 다만, 입주권을 매입한 1주택자가 입주를 하지 않은 채 중간에 매각하면 실거래 가를 기준으로 보유 기간 등에 따라 양도세가 부과되므로 유의해야 한다.

또한 재건축·재개발 지역에서 아파트나 주택 상태로 매입할 경우 관리처분을 마치고 입주권을 얻을 때까지 2주택 기준으로 보유세 등이 부과될 수 있다는 점도 주의해야 한다. 반면 재건축·재개발 지역에서 조합원으로 거주하다가 건설 공사로 인해 다른 지역에 대체 주택을 매입하고 1년 이상 거주한 이후 입주권으로 갖고 있던 아파트가 완성된 후 2년 이내에 세대전원이 이사하고 1년 이상 거주한다면 대체 주택을 완공 후 2년 안에 팔아도 양도소득세 비과세 혜택을 볼 수 있다.

다음으로 2년 이상 2주택을 보유하고 있는 경우에는 그 중 하나의 주택이 재건축이 돼 입주권으로 전환되는 경우에는 양도소득세를 피할 수 있는 방법은 없다. 즉, 재건축과 상관없이 이미 2주택자에 해당하므로 먼저 매각하는 주택에 대해서는 양도소득세가 과세되는 것이다.